Ada urban legend yang beredar di kalangan siswa-siswi SMPYomiyama Utara alias Yomikita. Konon, pada 26 tahun yang lalu ada seorangpelajar bernama Misaki yang duduk di kleas 3-3 SMP tersebut. Misaki disukaiguru maupun teman-temannya karena selain rupawan, dia juga pandai dalampelajran dan olahraga. Sebuah kecelakaan yang secara mendadak merenggut jiwaMisaki membuat salah satu teman sekelasnya menyangkal kematiannya dan berlaku seolah-olahMisaki masih hidup. Hal tersebut selanjutnya diikuti oleh seluruh murid kelas3-3, termasuk guru, bahakan kepala sekolah pun menyediakan kursi untuk Misakisaat upacara kelulusan sekolah. Perlakuan mereka itu selanjutnya membuat sosokMisaki turut muncul dalam foto kelas di album kelulusan. Namun, kisah ini tak hanya sampai di situ saja....

Kisah beralih ke bulan April tahun 1998, ketika KouichiSakakibara terbaring di rumah sakit karena menderita Pheumothorax tepat disaat dirinyapindah ke SMP Yomikita. Saat kondisinya mulai pulih, Kouichi dijenguk oleh 3 orang perwakilan kelas 3-3, yaitu Tomohiko Kazami, Yukari Sakuragi, juga IzumiAkazawa. Diantara mereka bertiga, Izumi merasa sangsi dengan pengakuan Kouichi yang mengatakan dirinya belum pernah tinggal di kota tersebut. Masih di rumah sakit tersebut, suatu malam di dalam lift Kouichi bertemu dengan anak perempuanberseragam SMP Yomikita, Mei Misaki. Mei bermaksud menyampaikan boneka yang dibawanya pada “sebagian dirinya” yang berada di ruang jenazah yang terletak di basement rumah sakit.

Setelah sembuh dari sakitnya, Kouichi kembali bersekolah. Diakemudian menyadari bahwa Mei ternyata duduk di kelas yang sama dengannya. Meskipunbegitu, kehadiran Mei seperti tidak disadari oleh murid-murid lainnya, danorang-orang yang Kouichi tanyai tentang Mei biasanya bereaksi dengan janggal. Dalam pertemuan kebetulan di sebuah galeri boneka yang suram, Mei menceritakan urban legend mengenai “Misaki” pada Kouichi. Akan tetapi, Mei berlalu sebelum menceritakan kisah tersebut hingga selesai.

Malapetaka terjadi. Satu persatu murid kelas 3-3 atau orangyang memiliki hubungan kekeluargaan dengan orang dari kelas 3-3 tahun itumeninggal secara mengenaskan. Yukari Sakuragi meninggal mendadak tertusuk ujungpayung yang tajam setelah terpeleset dari tangga sekolah, Sanae Mizuno yangKouichi mintai tolong untuk menyelidiki Mei Misaki dan kelas 3-3 meninggaldalam kecelakaan lift, kemudian Ikou Takabayashi yang bermaksud memberitahuKouichi mengenai apa yang sedang terjadi di kelas 3-3 tiba-tiba meninggalkarena serangan jantung.

Sehari setelah kematian Ikuo, Kouichi menyadari bahwa walikelas dan teman-teman sekelasnya sengaja mengacuhkan dirinya. Secara diam-diam ,Yuuya Mochizuki memberi daftar nama murid kelas 3-3 yang sebelumnya dimintaiKouichi serta memberi petunjuk agar Kouichi menemui Mei. Ditemui di galeriboneka, Mei akhirnya membeberkan alasan menagapa dirinya dan Kouichi diacuhkanoleh seisi kelas.

Ternyata setelah kejadian 26 tahun yang lalu, setiaptahunnya kelas 3-3 SMP Yomikita seperti dihinggapi malapetaka. Kelas tersebutakan kelebihan satu orang yang ternyata adalah manusia yang seharusnya sudahmeninggal sehingga disebut juga Shisha atau The Dead. Shisha tersebut tak sadarkalau dirinya telah meninggal. Absensi dan ingatan orang-orang turut berubah,sehingga tak ada yang tahu siapakah sebenarnya Shisha yang menyusup ke kelasmereka hingga saaat kelulusan tiba. Setiap bulan dalam setahun, minimal ada satuorang yang meninggal, entah itu wali kelas, murid kelas 3-3 atau keluarganya. Merekaakan mendapat peluang yang sama untuk dijemput oleh kematian. Untuk menyiasatikemunculan Shisha dan menyesuaikan jumlah awal murid di kelas, sejak 10 tahunyang lalu satu orang murid kelas 3-3 akan dianggap “tidak ada” seperti yangdialami Mei, dan cara tersebut cukup berhasil untuk menghalau malapetaka. 

Namun, karena Kouichi sering bertegur sapa dengan Mei yangseharusnya dianggap “tidak ada”, dia kemudian dianggap “tidak ada” olehteman-teman dan wali kelasnya. Kesamaan situasi yang dialamai Kouichi dan Meimembuat keduanya menjadi akrab satu sama lain dan sering menghabiskan waktubersama-sama. Mereka juga lebih sering mendatangi  perpustakaan untuk menemui Tatsuji Chibiki,petugas perpustakaan sekaligus wali kelas 3-3 yang 26 tahun lalu. Info dariChibiki dan bibi Kouichi, Reiko menyebutkan bahwa fenomena kematian yangmenghantui kelas 3-3 pernah berhenti di tengah tahun. Meskipun tidak terlaluingat, Reiko mengatakan bahwa “sesuatu” telah terjadi pada liburan musim panas15 tahun sebelumnya...

Pasca insiden bunuh dirinya wali kelas 3-3 Kubodera-sensei,strategi untuk mengacuhkan Mei dan Kouichi disudahi karena dianggap tidak efektif. Mereka berdua kini kembali dianggap “ada” oleh teman-temans ekelasnya. Mikami-sensei, yang tadinya wakil kelas 3-3 kini menggantikan Kubodera-sensei menjadi wali kelas. 

Kouichi bersama Yuuya, Naoya dan Izumi mulai menyelidiki carauntuk menghentikan rangkaian kematian. Kakak Yuuya yang bekerja di kafe tempat mereka berkumpul mengatakan bahwa Katsumi Matsunaga, murid kelas 3-3 tahun 1983 berhasil menghentikan fenomena kematian tersebut. Di hari libur, Kouichi dankawan-kawan beserta reiko pergi ke kota sebelah untuk menemui katsumi. Mereka semuatampak lega setelah melewati batas kota karena kutukan kelas 3-3 tidakberpengaruh di luar Yomiyama. Mereka lalu bersenang-senag di pantai denganberenang dan memancing. Katsumi bergabung dengan mereka semua, namun dia masihtidak ingat bagaimana caranya menyetop malapetaka 15 tahun yang lalu.

Angin kencang tiba-tiba menghembuskan bola yang sebelumnyamereka mainkan hingga ke laut. Junta Nakao bergegas berenang untukmengambilnya, namun arus semakin menyeret bola tersebut ke tengah laut. Sosok Juntayang timbul-tenggelam ditelan ombak membuat Naoya, Kouichi dan kawan-kawancemas. Saat itulah sebuah motorboat malejau ke arah Junta dan mambuat tubuhnyatercabik-cabik. Manyaksikan musibah tersebut membuat Kouichi, Naoya, Yuuya,Mei, Reiko, Takako, dan Izumi yang ada di sana shock karena mengira maut masihmengintai meski mereka telah keluar dari Yomiyama. Katsumi yang ketakuatanmelihat kejadian itu mendadak ingat kalau dirinya meninggalkan petunjuk diruangan kelas. 

Tekad Kouichi, yuuuya dan Naoya untuk menemukan petunjukdari Katsumi semakin bulat. Mereka bertiga ditambah Mei lalu menyusup ke gedunglama dan mencari di ruangan kelas 3-3. Setelah bersusah payah, Kouichi akhirnyaberhasil menemukan petunjuk dari Katsumi, yaitu sebuah kaset yang disimpandalam loker tua. Mereka semua lalu menuju ruang audio visual untuk mendengarkanisi kaset tersebut. Bertepatan dengan diputarnya bagian terpenting kasettersebut, seorang guru datang memeriksa ruangan audio visual. Naoya dengantergesa-gesa menarik kaset tersebut dan bersembunyi seperti teman-temanya yanglain tanpa menyadari kalau pita kaset tersebut tersangkut dan putus karenatertarik.

Apakah petunjuk yang ingin disampaikan oleh Katsumi dalamrekaman tersebut ? Mampukah Kouichi dan kawan-kawan menghentikan malapetakayang melanda kelas 3-3 di tahun itu ? Siapakah sebenarnya Shisa di kelas 3-3tahun ini ?